本发明提供一种基于多机械臂协同的高通量筛选实验系统及方法，系统包括：智能控制终端，用以输入实验指令，并根据实验指令调取任务集中的几个任务形成实验工作流，所述智能控制终端根据实验工作流向多机械臂协同高通量实验工作站发送相应的实验信号；多机械臂协同高通量实验工作站，用以执行智能控制终端发送的实验信号，并将实验产生的实验产物运输至产物分析工作站；智能数据分析单元，用以基于分析结果依次分析图谱得到产率结果、机器学习分析数据得到训练模型预测反应以及贝叶斯优化实验条件得到最优条件。本发明通过整合多机械臂，实现高通量实验全流程的自动化，实现了智能数据处理、最优选项筛选和实验报告生成。